Байкальский музей – один из трех существующих ныне музеев озер в мире и единственный в России.

Главная задача Музея состоит в сборе, хранении, монографическом описании и демонстрации коллекций, как материальных свидетельств и источников первичной информации о Байкале.

Призванный обобщать и хранить новейшие результаты исследований по всем разделам естественных наук в регионе, Музей выступает как конечный элемент системы научных знаний о Байкале и его бассейне.

За последние 10 лет в его залах побывали, прослушали лекции и познакомились с Байкалом около 600 тысяч человек.

По теме: "Формирование научных фондовых коллекций и банка данных экосистемы озера Байкал" идет сбор, систематизация и монографическое описание коллекций.

В фондах музея имеется более 12000 единиц хранения.

С 1995 г. разрабатывается новое научно-демонстрационное направление "Закономерности формирования экосистемы оз.Байкал в процессе геологической эволюции".

Выполнен макет "Палеогеодинамической карты региона озера Байкал" с врезками по различным временным уровням палеогеодинамических обстановок.

Проводятся стационарные исследования по изучению колебаний лимнических параметров геоэкосистемы озера Байкал и их использованию для среднесрочного прогноза землетрясений.

Составляется банк данных по биоразнообразию Байкальского региона, создается дендропарк с набором редких и эндемичных растений Байкальской территории.

Работа "Геологическое строение дна Байкала - взгляд из "Пайсиса"", изданная в 1996 г. стала солидным вкладом в изучение истории происхождения байкальской впадины, а "Красная книга растений Иркутской области" - в экологическое образование и охрану природы.

Организована экологическая школа, в которой проводятся занятия школьников, студентов и руководителей о проблемах озера Байкал.

В аквариумной экспозиции Байкальского музея семь аквариумов: пять по 5-11 тонн для байкальской фауны - бычков, омуля, сига, хариуса, моллюсков, губок и др., а также два аквариума по 30 тонн для байкальской нерпы.

В коллекции Байкальского музея ИНЦ СО РАН находится около 12 тыс. экспонатов. Общее число посетителей за все время его работы достигло 600 тыс. человек.