История музея неразрывно связана с историей кафедры почвоведения основанной в1931 году (первый зав. кафедрой почвоведения И.В. Николаев, позднее профессор). С этого времени при кафедре стали собираться коллекционные материалы для создания будущего музея. Уже к 1940 году кабинет почвоведения стали неофициально называть Музеем. В 80 - годах ХХ века была выделена большая аудитория, которая стала оформляться как музей (создано панно "Почвенно-ландшафтный профиль от В.Саяна до Байкала", подготовлены витрины для монолитов и др. экспонатов, кинобудка). Инициатором и организатором этой работы явился зав. кафедрой почвоведения и декан биолого-почвенного факультета к.б.н., доцент М.А.Корзун. В сборе материалов для экспозиции Музея активное участие приняли члены кафедры: доц. В.П. и А.С. Мартыновы, проф. Н.И.Карнаухов, доц. К.В.Морозова, доц. Г.А.Воробьева, доц. В.И.Бычков, доц. А.Г.Сазонов, В.Н.Воробьев, Н.И.Симоненков и др.

Официальный статус Музей получил в1993 году (приказ ректора ИГУ от 20 января 1993 г.). С 1993 по 1995 гг. под руководством первого зав. музеем к.б.н., доц. В.И.Бычкова и инженера музея О.Г.Лопатовской шла работа по набору материала и оформлению экспозиций. В мае 1993г. Музей вошел в "Научно-методический совет вузовских и ведомственных музеев при совете ректоров г. Иркутска" и в том же году Музей был включен во "Всероссийский Реестр Музеев". В мае 1995 года состоялось открытие музея.

К моменту открытия была значительно расширена коллекция почвенных монолитов - с 23 до 70, из них в постоянной экспозиции представлено 30 монолитов, создана коллекция микро монолитов, среди которых появились экспонаты почв из Болгарии, Монголии, Африки, США, Белоруссии, Казахстана, Западной Сибири. Наполнилась коллекция почвообразующих пород и минералов, создана коллекция агроруд, собран иллюстративный материал по истории кафедры почвоведения и почвенных исследований в Байкальском регионе, собрана библиотека научной литературы при музеи по разделам - почвоведение милиорация агрохимия, охрана почв и справочная литература. Собрана коллекция почвенных карт.